为适应现代航运服务业高端人才培养的国际化趋势和上海国际航运中心建设的需要，经国务院学位办批准，自2004年起，上海海事大学与世界海事大学合作举办“国际运输与物流”硕士学位教育项目。经入学评估（英语+专业）和录取后，分3个阶段学习，学制18个月。修完全部课程并通过论文评审，可获世界海事大学颁发并经我国教育部权威认证的“国际运输与物流”硕士学位。
目前，“国际运输与物流”硕士项目共招收学生397人，毕业379人，其中包括来自美国、、希腊、墨西哥、泰国、印尼、印度、尼日利亚等国家的30多名留学生。2016年本项目被评为上海市教育委员会“第二届上海市示范性中外合作办学项目”。
70%的教授是借助联合国国际海事组织的全球影响力聘请的国际一流的专家学者，如：马硕，世界海事大学副校长、教授，法国海事功勋获得者；Theo Notteboom，比利时安特卫普大学教授，欧洲知名港口管理专家；Manolis Kavussanos，雅典经济与商业大学教授，航运金融研究权威；Trevor Law，DVB银行高级副总裁，航运金融资深专业人士；Jeffrey Blum，海事教育与培训机构董事，波罗的海交易所、伦敦船舶经纪人协会和特许仲裁员学会资深人士。其余30%的教授为上海海事大学资深教授。
引入国际先进教育、汇集全球优质教育资源、采用国际最学资料，打造“课堂学习、企业实践、境外游学”三位一体的国际化人才培养模式。
1—3个月的全球（国内）知名航运、港口、物流、金融、制造企业实习，同时，结合专业课程学习，聘请行业知名经理人及资深人士开设实践类。
学生毕业后能胜任世界五百强企业的工作要求，在航运、物流、港口、制造、贸易、商业等领域，从事与国际运输与物流管理、港口管理、航运金融与保险、海事法律、航运经纪、船舶管理、航运咨询等相关的业务与管理工作。
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